Nils Günther legte seine Klavierlehrerprüfung beim Schweizerischen Musikpädagogischen Verband (SMPV) ab. Von 1989 bis 1999 wandte sich der Pianist der Neuen Improvisationsmusik und dem Musiktheater zu. In dieser Zeit kam es u. a. zur Zusammenarbeit mit Mani Planzer und Flavio Spirgi. Er studierte bis 1998 Klavier bei Andre Manz und Theorie bei Cornelius Schwehr, Hans Wüthrich und Mathias Steinauer an der Hochschule für Musik und Theater Zürich. Von 2000 bis 2007 studierte er Komposition bei Walter Zimmermann, Tonsatz und Analyse bei Hartmut Fladt und Elektronik bei Martin Supper an der Universität der Künste Berlin.
Als Komponist orientiert er sich an der Lehre der Wandlungsphasen (fünf Elemente, Wu Xing). Seine Musik ist eine medizinisch therapeutische in dem Sinn, dass sie den Hörer in einen Zustand des Gleichgewichts versetzen will. Günthers Werke wurde u. a. in Europa und Asien aufgeführt. Er arbeitete dabei mit Musikern wie dem Ensemble Sortisatio und dem Ensemble Modern zusammen. Ausserdem hielt er mehrere Vorträge zu John Cage und Erik Satie.